按照校党委制度推进年活动工作部署，安徽农业大学坚持“维稳”工作和制度推进工作两不误、两促进。目前，第二阶段的制度清理工作已经结束。
　　据初步统计，学校各党政职能部门全面清理和审查了以校字印发的各类文件175份。根据清理和审查的结果，学校研究提出了2008年制度建设“立、改、废”的意见，其中坚持的133项；需要完善的33项，同时针对高校违纪违法问题易发多发的重点领域和关键环节，拟出台反腐倡廉制度15项。学校各学院制定的规章制度也同时进行了清理和审查，19个院、部已建立院内制度共348项，其中拟修订的143项、废止4项。
第二阶段的制度完善和制度创新是工作重点，校纪委将对下一步工作加强督促、指导和检查。